創(chuàng)建時期,本院主要執(zhí)行刑事檢察業(yè)務(wù),負(fù)責(zé)審查批捕、審查起訴、出庭公訴。重建以后,職權(quán)范圍逐步擴(kuò)大,業(yè)務(wù)門類增多。

　　一九八零年三月,本院首次分設(shè)“三科一室”,即刑事檢察科、經(jīng)濟(jì)檢察科、法紀(jì)檢察科和辦公室。

　　一九八零年,刑事檢察科主要負(fù)責(zé)對轄區(qū)內(nèi)公安機(jī)關(guān)的案件以及本院經(jīng)濟(jì)檢察科移送的案件進(jìn)行審查批捕、審查起訴;經(jīng)濟(jì)檢察科的職能即查辦發(fā)生在轄區(qū)內(nèi)的國家工作人員的職務(wù)犯罪案件;法紀(jì)檢察科主要負(fù)責(zé)查辦發(fā)生在轄區(qū)內(nèi)的國家機(jī)關(guān)工作人員的職務(wù)犯罪案件;辦公室主要負(fù)責(zé)全院后勤保障以及檔案管理、車輛管理、財務(wù)等方面工作。

　　一九八七年七月,內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)調(diào)整為“四科二室”。即刑事檢察一科(負(fù)責(zé)審查批捕)、刑事檢察二科(負(fù)責(zé)審查起訴)、自行偵查科(有經(jīng)濟(jì)檢察科和法紀(jì)檢察科合并)、控告申訴檢察科、經(jīng)濟(jì)案件辦公室(對外稱“南京市鼓樓區(qū)打擊嚴(yán)重經(jīng)濟(jì)犯罪活動辦公室”)和辦公室。

　　一九八七年,刑事檢察一科的職能主要是負(fù)責(zé)對公安機(jī)關(guān)以及本院自行偵查科查辦的案件進(jìn)行審查批捕;刑事檢察二科的只能主要對公安機(jī)關(guān)以及本院自行偵查科查辦的案件進(jìn)行審查起訴;自行偵查科由原來的經(jīng)濟(jì)檢察科和法紀(jì)檢察科合并而來,自行偵查科的職能主要是查處轄區(qū)內(nèi)的國家工作人員以及國家機(jī)關(guān)工作人員的職務(wù)犯罪案件;控告申訴檢察科的職能主要是接待轄區(qū)內(nèi)市民的舉報以及來信來訪,并對線索進(jìn)行初查分流等工作;經(jīng)濟(jì)案件辦公室(對外稱“南京市鼓樓區(qū)打擊嚴(yán)重經(jīng)濟(jì)犯罪活動辦公室”)和辦公室職能同上。

　　一九八八年三月,為加強稅務(wù)檢察工作,在鼓樓區(qū)稅務(wù)分局派駐檢察室。同年七月,為適應(yīng)打擊經(jīng)濟(jì)犯罪的要求,設(shè)立經(jīng)濟(jì)舉報室。

　　一九八八年,稅務(wù)檢察室的職能主要是查處國家工作人員在偷、漏稅等方面的犯罪案件;經(jīng)濟(jì)舉報室歸口控告申訴科,主要接待群眾的舉報以及來信來訪。

　　一九九零年,內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)增設(shè),調(diào)整為“五科一室”,即批捕科、起訴科、經(jīng)濟(jì)檢察科、法紀(jì)檢察科、監(jiān)所檢察科和辦公室。

　　一九九零年,監(jiān)所檢察科職能主要是對轄區(qū)看守所在關(guān)押人犯期間是否存在超期羈押等問題進(jìn)行監(jiān)督。

　　一九九一年二月,再次設(shè)立控告申訴檢察科。

　　一九九二年將批捕科更名為刑事檢察一科,起訴科更名為刑事檢察二科,經(jīng)濟(jì)檢察科(含稅務(wù)檢察室)。

　　一九九三年三月,刑事檢察部門業(yè)務(wù)調(diào)整,刑事檢察一科負(fù)責(zé)公安機(jī)關(guān)偵查案件的審查批捕、審查起訴等刑檢業(yè)務(wù)工作,刑事檢察二科負(fù)責(zé)本院自行偵查案件的審查批捕、審查起訴等工作。

　　一九九五年一月,鑒于稅務(wù)機(jī)構(gòu)分設(shè),為適應(yīng)稅制改革需要,分別在鼓樓區(qū)國家稅務(wù)局、鼓樓區(qū)地方稅務(wù)局派駐檢察室,同時在院內(nèi)設(shè)立稅務(wù)檢察室。一九九五年二月,為適應(yīng)開展民事行政檢察工作和加強檢察隊伍政治思想工作的需要,增設(shè)民事行政檢察科和政工科。本院機(jī)構(gòu)設(shè)置為“八科二室”,即刑事檢察一科、刑事檢察二科、經(jīng)濟(jì)檢察科、法紀(jì)檢察科、控告申訴科、民事行政檢察科、監(jiān)所檢察科、稅務(wù)檢察室、政工科和辦公室。按照上級檢察院的要求,將經(jīng)濟(jì)檢察科更名為反貪污賄賂局,我院于一九九五年十二月二十七日成立鼓樓區(qū)檢察院反貪污賄賂局(下設(shè)三科:即偵查一科、偵查二科和綜合科)。

　　一九九五年,民事行政檢察科只能主要是接受群眾對法院已經(jīng)生效的民事行政裁判的控告申訴;政工科職能主要是負(fù)責(zé)本院黨務(wù)、人事、組織以及干警的思想政治工作等;反貪污賄賂局職能主要是查處轄區(qū)內(nèi)國有企事業(yè)單位國家工作人員的貪污賄賂等職務(wù)犯罪案件。

　　一九九六年十二月,按修改后的《刑事訴訟法》的案件管轄規(guī)定,根據(jù)上級要求,我院撤銷派駐南京市國家稅務(wù)局鼓樓區(qū)分局檢察室、鼓樓區(qū)地方稅務(wù)局派駐檢察室及院內(nèi)稅務(wù)檢察室。本院機(jī)構(gòu)設(shè)置為“六科一局一室”,即審查批捕科、審查起訴科、法紀(jì)檢察科、反貪污賄賂局(內(nèi)設(shè)偵查一科、偵查二科和綜合科)、控告申訴科、監(jiān)所檢察科、政工科和辦公室。

　　一九九八年將政工科改為政治處。本院機(jī)構(gòu)設(shè)置為“一處一局一室六科”,即政治處、反貪污賄賂局、辦公室、審查批捕科、審查起訴科、控告申訴科、民事行政檢察科、監(jiān)所檢察科、法紀(jì)檢察科。

　　二零零二年全國檢察機(jī)關(guān)機(jī)構(gòu)改革,我院根據(jù)上級檢察機(jī)關(guān)要求,經(jīng)上級編委的批準(zhǔn),區(qū)人民檢察院內(nèi)設(shè)11個職能部門。我院增設(shè)檢察技術(shù)科,以加強全院信息化建設(shè)與網(wǎng)絡(luò)建設(shè),使檢察事業(yè)適應(yīng)高科技的不斷發(fā)展,做到科技強檢。增設(shè)法律政策研究室,研究全國法律、法規(guī)政策,為領(lǐng)導(dǎo)決策等服務(wù)。同上級檢察機(jī)關(guān)機(jī)構(gòu)一致,將審查批捕科更名為偵查監(jiān)督科,審查起訴科更名為公訴科,法紀(jì)檢察科更名為瀆職侵權(quán)檢察科,反貪污賄賂局下設(shè)綜合科更名為職務(wù)犯罪預(yù)防科。反貪污賄賂局下設(shè)偵查一科、偵查二科、職務(wù)犯罪預(yù)防科、法警大隊。本院機(jī)構(gòu)設(shè)置為一局一處二室七科,即反貪污賄賂局(下設(shè)偵查一科、偵查二科、職務(wù)犯罪預(yù)防科、法警大隊)、政治處、辦公室、政策研究室、偵查監(jiān)督科、公訴科、瀆職侵權(quán)檢察科、監(jiān)所檢察科、民事行政檢察科、控告申訴科(掛“舉報中心”、“刑事賠償工作辦公室”牌子)、檢察技術(shù)科。

　　二零零二年,檢察技術(shù)科職能主要負(fù)責(zé)本院電腦網(wǎng)絡(luò)等技術(shù)性問題。法警大隊職能主要負(fù)責(zé)本院自偵部門查辦案件過程中,負(fù)責(zé)被審查對象的押送以及人身安全等工作。

　　二零零五年十一月,經(jīng)區(qū)編委同意,在我院設(shè)立“職務(wù)犯罪預(yù)防科”,同時撤銷反貪局下設(shè)的“職務(wù)犯罪預(yù)防科”

　　二零零八年十二月,經(jīng)區(qū)編委同意, 我院成立“案件監(jiān)督管理中心”,該中心主要職責(zé)是:統(tǒng)一對本院所辦案件的訴訟環(huán)節(jié)進(jìn)行全程監(jiān)管;負(fù)責(zé)管理、開據(jù)主要法律文書;對本院辦理的不立案案件、撤銷案件、不批捕案件、不起訴案件、撤回起訴案件及無罪判決案件進(jìn)行檢查;對贓款、贓物扣押、處理進(jìn)行監(jiān)督;負(fù)責(zé)對案件的專項督察及領(lǐng)導(dǎo)交辦的其他事項。

　　二零一二年十一月,經(jīng)區(qū)編委同意,我院“職務(wù)犯罪預(yù)防”更名為“職務(wù)犯罪預(yù)防局”,機(jī)構(gòu)規(guī)格不變。